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Differenze tra le versioni 7 e 44 (in 37 versioni)
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Autore: jeremie2
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Autore: dario-corrada
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<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=631407")>>		 <<Indice(depth=2)>>
<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=644949")>>
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Ogni '''6 mesi''' viene rilasciata una nuova versione di Ubuntu. I rilasci avvengono sempre nei mesi di '''Aprile''' e '''Ottobre'''.<<BR>>
Esistono due tipologie di versioni contraddistinte dal periodo di supporto, durante il quale riceveranno aggiornamenti software. Cessato tale periodo per ricevere aggiornamenti sarà necessario eseguire un [[Installazione/NoteAvanzamento|avanzamento di versione]] del sistema o [[Installazione/InstallareUbuntu|installare]] un sistema più recente.		 Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
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 * '''Versioni LTS''' (''Long Term Support''): periodo di supporto di '''5 anni'''.
  * Rilasciate ogni 2 anni nell'Aprile degli anni pari.
  * Ideali in tutti quei casi in cui si preveda di effettuare un'installazione duratura nel tempo dove NON si ritiene di primaria importanza avere l'intero parco software aggiornato all'ultima versione. Tuttavia la presenza di [[Repository|repository]] dedicati e l'introduzione dei [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi/PacchettiSnap|pacchetti Snap]] facilita l'installazione di versioni aggiornate dei software più popolari.		 = Bioinformatica =
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 * '''Versioni intermedie''': periodo di supporto di '''9 mesi'''.
  * Breve periodo di supporto per il quale ben presto sarà necessario un aggiornamento a una nuova versione del sistema.
  * Rilasci più frequenti rispetto alle versioni LTS e quindi con software più aggiornato. Questo si traduce nella possibilità che includano nuovi driver per l'utilizzo di nuovo hardware e disponibilità di nuovi software magari cruciali per svolgere alcune attività.		 == BioConda ==
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<<Anchor(support)>>
= Versioni supportate =		  * '''Sito''': https://bioconda.github.io
 * '''Descrizione''': Bioconda è un repository di software per la bioinformatica distribuito sul package manager Conda.
 * '''Licenza''': MIT License (più licenze specifiche per i singoli pacchetti)
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{{{#!wiki note
È possibile scaricare tutte le versioni supportate di Ubuntu e delle sue derivate (Kubuntu, Ubuntu Mate ecc.) tramite torrent da [[DownloadTorrent|questa pagina]]. <<BR>>In alternativa è possibile effettuare il download diretto delle immagini iso dal [[https://www.ubuntu-it.org/download|sito web di Ubuntu-it]].		 == BioconductoR ==

 * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/
 * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
 * '''Licenza''': Artistic License 2.0

== Biopython ==

 * '''Sito''': https://biopython.org/
 * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
 * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]''

== CytoScape ==

 * '''Sito''': https://cytoscape.org/
 * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro.
 * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License)

== MaxQuant/Perseus ==

 * '''Sito''': https://maxquant.net/
 * '''Descrizione''': Piattaforma per l’analisi di dati di proteomica quantitativa, in particolare MaxQuant è disegnato specificamente per l’analisi di dataset da spettrometria di massa.
 * '''Licenza''': Freeware

== Muscle ==

 * '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/
 * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.
 * '''Licenza''': Public Domain

== PHYLIP ==

 * '''Sito''': https://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
 * '''Descrizione''': pacchetto di programmi per inferire alberi evolutivi e fare analisi ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Filogenesi|filogenetiche]]''.
 * '''Licenza''': FOSS

== Seaview ==

 * '''Sito''': http://doua.prabi.fr/software/seaview
 * '''Descrizione''': Semplice editor per la manipolazione di allineamenti multipli.
 * '''Licenza''': GNU GPL

== T-Coffee ==

 * '''Sito''': http://www.tcoffee.org/
 * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''.
 * '''Licenza''': GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License

== UGENE ==

 * '''Sito''': http://ugene.net/
 * '''Descrizione''': piattaforma integrata per l'analisi di dati biologici come sequenze, annotazioni, allineamenti multipli, alberi filogenetici, ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Sequencing|assembly NGS]]'' e molto altro.
 * '''Licenza''': GNU GPL v2.0

= Chimica Computazionale =

== AMBER ==

 * '''Sito''': https://ambermd.org
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa.
 * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

== AutoDock ==

 * '''Sito''': http://autodock.scripps.edu/
 * '''Descrizione''': suite di tool per eseguire calcoli di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Docking_(chimica)|docking]]'', predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.
 * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache

== ccp4 ==

 * '''Sito''': https://www.ccp4.ac.uk/
 * '''Descrizione''': il Collaborative Computational Project Number 4 (ccp4) è un progetto istituito nel 1979 per supportare la collaborazione tra ricercatori che lavorano nello sviluppo di software e assemblare una raccolta completa di software per la biologia strutturale. Esiste un progetto derivato (Collaborative Computational Project for Electron cryo-Microscopy - ''[[https://www.ccpem.ac.uk|ccp-em]]'') dedicato alla ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Microscopia_crioelettronica|microscopia crioelettronica]]''.
 * '''Licenza''': (credo dipenda dai singoli pacchetti della raccolta)

== Chimera ==

 * '''Sito''': https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
 * '''Descrizione''': software per la visualizzazione e l'analisi interattiva di strutture molecolari e dati correlati, tra cui mappe di densità, complessi supramolecolari, allineamenti di sequenze, risultati di docking, traiettorie e ensemble conformazionali.
 * '''Licenza''': Free per uso non commerciale

== GROMACS ==

 * '''Sito''': https://www.gromacs.org/
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.
 * '''Licenza''': GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

== Modeller ==

 * '''Sito''': https://salilab.org/modeller/
 * '''Descrizione''': Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Homology_modeling|homology modeling]]''
 * '''Licenza''': Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

== NAMD ==

 * '''Sito''': https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio ''[[https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/node63.html|Accelerated Molecular Dynamics]]'')
 * '''Licenza''': Software proprietario, freeware for noncommercial use

== Open Babel ==

 * '''Sito''': http://openbabel.org/wiki/Main_Page
 * '''Descrizione''': toolbox per la conversione di formati di file chimici.
 * '''Licenza''': GNU GPL v2.0

== PyMOL ==

 * '''Sito''': https://pymol.org/
 * '''Descrizione''': viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare
{{{#!wiki important
 * '''Licenza''': la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/PyMOL|progetti open e free]]'' ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti
Linea 27: Linea 132:
== 19.10 == == Rosetta ==
 * '''Sito''': https://www.rosettacommons.org/
 * '''Descrizione''': software per la modellazione ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Metodo_ab_initio|ab initio]]'' di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.
 * '''Licenza''': Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico
Linea 29: Linea 137:
 * '''Nome in codice''': Eoan Ermine
 * '''Data di lancio''': Ottobre 2019
 * '''Fine supporto''': Gennaio 2020
 * [[Rilasci/EoanErmine|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/EoanErmine/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/eoan/|Download]]		 == Quantum ESPRESSO ==
Linea 34: Linea 139:
== 19.04 ==  * '''Sito''': https://www.quantum-espresso.org/
 * '''Descrizione''': suite per i calcoli della struttura elettronica la modellazione di materiali, si basa sulla teoria del funzionale della densità (''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Teoria_del_funzionale_della_densit%C3%A0|DFT]]'')
 * '''Licenza''': GNU GPL
Linea 36: Linea 143:
 * '''Nome in codice''': Disco Dingo
 * '''Data di lancio''': Aprile 2019
 * '''Fine supporto''': Gennaio 2020
 * [[Rilasci/DiscoDingo|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/DiscoDingo/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/disco/|Download]]		 == VMD ==
Linea 41: Linea 145:
== 18.04 ==  * '''Sito''': http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
 * '''Descrizione''': viewer molecolare particolarmente versatile per la visualizzazione grafica di simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]''
 * '''Licenza''': Distribution specific
Linea 43: Linea 149:
 * '''Nome in codice''': Bionic Beaver
 * '''Data di lancio''': Aprile 2018
 * '''Fine supporto''': Aprile 2023 - '''LTS''' ''Long Term Support'' (./)
 * [[Rilasci/BionicBeaver|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/BionicBeaver/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/bionic/|Download]]
Linea 48: Linea 150:
== 16.04 == = Ulteriori risorse online =
Linea 50: Linea 152:
 * '''Nome in codice''': Xenial Xerus
 * '''Data di lancio''': Aprile 2016
 * '''Fine supporto''': Aprile 2021 - '''LTS''' ''Long Term Support'' (./)
 * [[Rilasci/XenialXerus|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/XenialXerus/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/xenial/|Download]]		  * '''[[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi|BLAST]]''' : servizi per l' ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze|allineamento locale di sequenze]]'' offerto dall'NIH
Linea 55: Linea 154:
== Point Release delle versioni LTS ==  * '''[[https://www.ensembl.org/|Ensembl]]''' : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
Linea 57: Linea 156:
Per avere informazioni sulle caratteristiche e sul supporto delle '''Point Release''', le versioni aggiornate dei rilasci LTS di Ubuntu, consultare [[Rilasci/PointRelease|questa pagina]].  * '''[[https://usegalaxy.org/|Galaxy]]''' : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili
Linea 59: Linea 158:
= Versione in sviluppo =  * '''[[https://www.genepattern.org/|GenePattern]]''' : piattaforma per l'analisi dell'espressione genica (RNA-seq and microarray), copy number variation, proteomica, citometria di flusso e network analysis.
Linea 61: Linea 160:
L'attuale versione in sviluppo di Ubuntu è la '''20.04'''. Verrà rilasciata ad Aprile 2020.  * '''[[https://www.genome.jp/kegg/pathway.html|KEGG Pathway Database]]''' : database di pathway metabolici
Linea 63: Linea 162:
L'utilizzo delle versioni in sviluppo non è consigliato per l'uso quotidiano, in quanto potenzialmente soggette a bug critici che potrebbero portare anche alla perdita di dati. Per un corretto utilizzo e per ulteriori informazioni sul nuovo rilascio, fare riferimento alla pagina [[Ubuntu+1]].<<BR>>
Ulteriori informazioni sullo sviluppo e i collegamenti per il download delle ''Daily Build'' saranno presto disponibili nell'apposita [[http://forum.ubuntu-it.org/viewforum.php?f=7|sezione del forum]].		  * '''[[https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/|MSA tools]]''' : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
Linea 66: Linea 164:
<<Anchor(lista_rilasci)>>
= Elenco completo dei rilasci =		  * '''[[https://reactome.org/|Reactome]]''' : database di pathway metabolici
Linea 69: Linea 166:
L'elenco completo di tutte le versioni di Ubuntu rilasciate negli anni è disponibile in [[Rilasci/ElencoCompleto|questa pagina]].  * '''[[https://pandas.pydata.org/|pandas]]''' : libreria software scritta per il linguaggio di programmazione Python per la manipolazione e l'analisi dei dati.
Linea 71: Linea 168:
= Ulteriori risorse =  * '''[[https://www.rcsb.org/|Protein Data Bank]]''' : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente
Linea 73: Linea 170:
 * [[https://wiki.ubuntu.com/Releases|Documento sul wiki internazionale]]  * '''[[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/|PubMed]]''' : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed

 * '''[[https://taverna.incubator.apache.org/|Taverna]]''' : piattaforma per la progettazione e l'esecuzione di workflow

 * '''[[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway|UCSC Genome Browser]]''' : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi

 * '''[[https://www.uniprot.org/uniprot|UniProtKB]]''' : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)
Linea 75: Linea 180:
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Introduzione

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.

Bioinformatica

BioConda

  • Sito: https://bioconda.github.io

  • Descrizione: Bioconda è un repository di software per la bioinformatica distribuito sul package manager Conda.

  • Licenza: MIT License (più licenze specifiche per i singoli pacchetti)

BioconductoR

  • Sito: https://www.bioconductor.org/

  • Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)

  • Licenza: Artistic License 2.0

Biopython

  • Sito: https://biopython.org/

  • Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.

  • Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License

CytoScape

  • Sito: https://cytoscape.org/

  • Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.

  • Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)

MaxQuant/Perseus

  • Sito: https://maxquant.net/

  • Descrizione: Piattaforma per l’analisi di dati di proteomica quantitativa, in particolare MaxQuant è disegnato specificamente per l’analisi di dataset da spettrometria di massa.

  • Licenza: Freeware

Muscle

PHYLIP

Seaview

T-Coffee

UGENE

  • Sito: http://ugene.net/

  • Descrizione: piattaforma integrata per l'analisi di dati biologici come sequenze, annotazioni, allineamenti multipli, alberi filogenetici, assembly NGS e molto altro.

  • Licenza: GNU GPL v2.0

Chimica Computazionale

AMBER

  • Sito: https://ambermd.org

  • Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.

  • Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

AutoDock

  • Sito: http://autodock.scripps.edu/

  • Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.

  • Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache

ccp4

  • Sito: https://www.ccp4.ac.uk/

  • Descrizione: il Collaborative Computational Project Number 4 (ccp4) è un progetto istituito nel 1979 per supportare la collaborazione tra ricercatori che lavorano nello sviluppo di software e assemblare una raccolta completa di software per la biologia strutturale. Esiste un progetto derivato (Collaborative Computational Project for Electron cryo-Microscopy - ccp-em) dedicato alla microscopia crioelettronica.

  • Licenza: (credo dipenda dai singoli pacchetti della raccolta)

Chimera

  • Sito: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

  • Descrizione: software per la visualizzazione e l'analisi interattiva di strutture molecolari e dati correlati, tra cui mappe di densità, complessi supramolecolari, allineamenti di sequenze, risultati di docking, traiettorie e ensemble conformazionali.

  • Licenza: Free per uso non commerciale

GROMACS

  • Sito: https://www.gromacs.org/

  • Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.

  • Licenza: GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

Modeller

  • Sito: https://salilab.org/modeller/

  • Descrizione: Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del homology modeling

  • Licenza: Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

NAMD

Open Babel

PyMOL

  • Sito: https://pymol.org/

  • Descrizione: viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare

  • Licenza: la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono progetti open e free ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti

Rosetta

  • Sito: https://www.rosettacommons.org/

  • Descrizione: software per la modellazione ab initio di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.

  • Licenza: Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico

Quantum ESPRESSO

  • Sito: https://www.quantum-espresso.org/

  • Descrizione: suite per i calcoli della struttura elettronica la modellazione di materiali, si basa sulla teoria del funzionale della densità (DFT)

  • Licenza: GNU GPL

VMD

Ulteriori risorse online

  • BLAST : servizi per l' allineamento locale di sequenze offerto dall'NIH

  • Ensembl : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

  • Galaxy : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili

  • GenePattern : piattaforma per l'analisi dell'espressione genica (RNA-seq and microarray), copy number variation, proteomica, citometria di flusso e network analysis.

  • KEGG Pathway Database : database di pathway metabolici

  • MSA tools : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

  • Reactome : database di pathway metabolici

  • pandas : libreria software scritta per il linguaggio di programmazione Python per la manipolazione e l'analisi dei dati.

  • Protein Data Bank : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente

  • PubMed : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed

  • Taverna : piattaforma per la progettazione e l'esecuzione di workflow

  • UCSC Genome Browser : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi

  • UniProtKB : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)

CategoryHomepage