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Differenze tra le versioni 7 e 30 (in 23 versioni)
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Autore: jeremie2
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Autore: dario-corrada
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<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=631407")>>		 <<Indice(depth=2)>>
<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=644949")>>
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Ogni '''6 mesi''' viene rilasciata una nuova versione di Ubuntu. I rilasci avvengono sempre nei mesi di '''Aprile''' e '''Ottobre'''.<<BR>>
Esistono due tipologie di versioni contraddistinte dal periodo di supporto, durante il quale riceveranno aggiornamenti software. Cessato tale periodo per ricevere aggiornamenti sarà necessario eseguire un [[Installazione/NoteAvanzamento|avanzamento di versione]] del sistema o [[Installazione/InstallareUbuntu|installare]] un sistema più recente.		 Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
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 * '''Versioni LTS''' (''Long Term Support''): periodo di supporto di '''5 anni'''.
  * Rilasciate ogni 2 anni nell'Aprile degli anni pari.
  * Ideali in tutti quei casi in cui si preveda di effettuare un'installazione duratura nel tempo dove NON si ritiene di primaria importanza avere l'intero parco software aggiornato all'ultima versione. Tuttavia la presenza di [[Repository|repository]] dedicati e l'introduzione dei [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi/PacchettiSnap|pacchetti Snap]] facilita l'installazione di versioni aggiornate dei software più popolari.		 = Bioinformatica =
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 * '''Versioni intermedie''': periodo di supporto di '''9 mesi'''.
  * Breve periodo di supporto per il quale ben presto sarà necessario un aggiornamento a una nuova versione del sistema.
  * Rilasci più frequenti rispetto alle versioni LTS e quindi con software più aggiornato. Questo si traduce nella possibilità che includano nuovi driver per l'utilizzo di nuovo hardware e disponibilità di nuovi software magari cruciali per svolgere alcune attività.		 == BioconductoR ==
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<<Anchor(support)>>
= Versioni supportate =		  * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/
 * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
 * '''Licenza''': Artistic License 2.0
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{{{#!wiki note
È possibile scaricare tutte le versioni supportate di Ubuntu e delle sue derivate (Kubuntu, Ubuntu Mate ecc.) tramite torrent da [[DownloadTorrent|questa pagina]]. <<BR>>In alternativa è possibile effettuare il download diretto delle immagini iso dal [[https://www.ubuntu-it.org/download|sito web di Ubuntu-it]].		 == Biopython ==

 * '''Sito''': https://biopython.org/
 * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
 * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]''

== CytoScape ==

 * '''Sito''': https://cytoscape.org/
 * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro.
 * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License)

== Muscle ==

 * '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/
 * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.
 * '''Licenza''': Public Domain

== T-Coffee ==

 * '''Sito''': http://www.tcoffee.org/
 * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''.
 * '''Licenza''': GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License

= Chimica Computazionale =

== AMBER ==

 * '''Sito''': https://ambermd.org
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa.
 * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

== AutoDock ==

 * '''Sito''': http://autodock.scripps.edu/
 * '''Descrizione''': suite di tool per eseguire calcoli di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Docking_(chimica)|docking]]'', predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.
 * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache

== GROMACS ==

 * '''Sito''': https://www.gromacs.org/
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.
 * '''Licenza''': GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

== Modeller ==

 * '''Sito''': https://salilab.org/modeller/
 * '''Descrizione''': Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Homology_modeling|homology modeling]]''
 * '''Licenza''': Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

== NAMD ==

 * '''Sito''': https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio ''[[https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/node63.html|Accelerated Molecular Dynamics]]'')
 * '''Licenza''': Software proprietario, freeware for noncommercial use

== PyMOL ==

 * '''Sito''': https://pymol.org/
 * '''Descrizione''': viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare
{{{#!wiki important
 * '''Licenza''': la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/PyMOL|progetti open e free]]'' ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti
Linea 27: Linea 84:
== 19.10 == == Rosetta ==
 * '''Sito''': https://www.rosettacommons.org/
 * '''Descrizione''': software per la modellazione ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Metodo_ab_initio|ab initio]]'' di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.
 * '''Licenza''': Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico
Linea 29: Linea 89:
 * '''Nome in codice''': Eoan Ermine
 * '''Data di lancio''': Ottobre 2019
 * '''Fine supporto''': Gennaio 2020
 * [[Rilasci/EoanErmine|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/EoanErmine/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/eoan/|Download]]		 == VMD ==
Linea 34: Linea 91:
== 19.04 ==  * '''Sito''': http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
 * '''Descrizione''': viewer molecolare particolarmente versatile per la visualizzazione grafica di simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]''
 * '''Licenza''': Distribution specific
Linea 36: Linea 95:
 * '''Nome in codice''': Disco Dingo
 * '''Data di lancio''': Aprile 2019
 * '''Fine supporto''': Gennaio 2020
 * [[Rilasci/DiscoDingo|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/DiscoDingo/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/disco/|Download]]
Linea 41: Linea 96:
== 18.04 == = Ulteriori risorse online =
Linea 43: Linea 98:
 * '''Nome in codice''': Bionic Beaver
 * '''Data di lancio''': Aprile 2018
 * '''Fine supporto''': Aprile 2023 - '''LTS''' ''Long Term Support'' (./)
 * [[Rilasci/BionicBeaver|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/BionicBeaver/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/bionic/|Download]]		  * '''[[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi|BLAST]]''' : servizi per l' ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze|allineamento locale di sequenze]]'' offerto dall'NIH
Linea 48: Linea 100:
== 16.04 ==  * '''[[https://www.ensembl.org/|Ensembl]]''' : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
Linea 50: Linea 102:
 * '''Nome in codice''': Xenial Xerus
 * '''Data di lancio''': Aprile 2016
 * '''Fine supporto''': Aprile 2021 - '''LTS''' ''Long Term Support'' (./)
 * [[Rilasci/XenialXerus|Scaletta di rilascio]] | [[https://wiki.ubuntu.com/XenialXerus/ReleaseNotes|Note di rilascio]] | [[http://releases.ubuntu.com/releases/xenial/|Download]]		  * '''[[https://usegalaxy.org/|Galaxy]]''' : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili
Linea 55: Linea 104:
== Point Release delle versioni LTS ==  * '''[[https://www.genome.jp/kegg/pathway.html|KEGG Pathway Database]]''' : database di pathway metabolici
Linea 57: Linea 106:
Per avere informazioni sulle caratteristiche e sul supporto delle '''Point Release''', le versioni aggiornate dei rilasci LTS di Ubuntu, consultare [[Rilasci/PointRelease|questa pagina]].  * '''[[https://reactome.org/|Reactome]]''' : database di pathway metabolici
Linea 59: Linea 108:
= Versione in sviluppo =  * '''[[https://www.rcsb.org/|Protein Data Bank]]''' : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente
Linea 61: Linea 110:
L'attuale versione in sviluppo di Ubuntu è la '''20.04'''. Verrà rilasciata ad Aprile 2020.  * '''[[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/|PubMed]]''' : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed
Linea 63: Linea 112:
L'utilizzo delle versioni in sviluppo non è consigliato per l'uso quotidiano, in quanto potenzialmente soggette a bug critici che potrebbero portare anche alla perdita di dati. Per un corretto utilizzo e per ulteriori informazioni sul nuovo rilascio, fare riferimento alla pagina [[Ubuntu+1]].<<BR>>
Ulteriori informazioni sullo sviluppo e i collegamenti per il download delle ''Daily Build'' saranno presto disponibili nell'apposita [[http://forum.ubuntu-it.org/viewforum.php?f=7|sezione del forum]].		  * '''[[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway|UCSC Genome Browser]]''' : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi
Linea 66: Linea 114:
<<Anchor(lista_rilasci)>>
= Elenco completo dei rilasci =		  * '''[[https://www.uniprot.org/uniprot|UniProtKB]]''' : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)
Linea 69: Linea 116:
L'elenco completo di tutte le versioni di Ubuntu rilasciate negli anni è disponibile in [[Rilasci/ElencoCompleto|questa pagina]].
Linea 71: Linea 117:
= Ulteriori risorse =

 * [[https://wiki.ubuntu.com/Releases|Documento sul wiki internazionale]]
Linea 75: Linea 118:
CategoryComunita CategoryHomepage


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Introduzione

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.

Bioinformatica

BioconductoR

  • Sito: https://www.bioconductor.org/

  • Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)

  • Licenza: Artistic License 2.0

Biopython

  • Sito: https://biopython.org/

  • Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.

  • Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License

CytoScape

  • Sito: https://cytoscape.org/

  • Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.

  • Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)

Muscle

T-Coffee

Chimica Computazionale

AMBER

  • Sito: https://ambermd.org

  • Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.

  • Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

AutoDock

  • Sito: http://autodock.scripps.edu/

  • Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.

  • Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache

GROMACS

  • Sito: https://www.gromacs.org/

  • Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.

  • Licenza: GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

Modeller

  • Sito: https://salilab.org/modeller/

  • Descrizione: Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del homology modeling

  • Licenza: Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

NAMD

PyMOL

  • Sito: https://pymol.org/

  • Descrizione: viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare

  • Licenza: la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono progetti open e free ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti

Rosetta

  • Sito: https://www.rosettacommons.org/

  • Descrizione: software per la modellazione ab initio di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.

  • Licenza: Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico

VMD

Ulteriori risorse online

  • BLAST : servizi per l' allineamento locale di sequenze offerto dall'NIH

  • Ensembl : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

  • Galaxy : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili

  • KEGG Pathway Database : database di pathway metabolici

  • Reactome : database di pathway metabolici

  • Protein Data Bank : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente

  • PubMed : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed

  • UCSC Genome Browser : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi

  • UniProtKB : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)

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