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Autore: jeremie2
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Autore: dario-corrada
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<<Indice(depth=2)>>
<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=644949")>>
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= Discussione da aggiornare sul forum = = Introduzione =

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.

= Bioinformatica =

== BioConda ==

 * '''Sito''': https://bioconda.github.io
 * '''Descrizione''': Bioconda è un repository di software per la bioinformatica distribuito sul package manager Conda.
 * '''Licenza''': MIT License (più licenze specifiche per i singoli pacchetti)

== BioconductoR ==

 * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/
 * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
 * '''Licenza''': Artistic License 2.0

== Biopython ==

 * '''Sito''': https://biopython.org/
 * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
 * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]''

== CytoScape ==

 * '''Sito''': https://cytoscape.org/
 * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro.
 * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License)

== Muscle ==

 * '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/
 * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.
 * '''Licenza''': Public Domain

== Seaview ==

 * '''Sito''': http://doua.prabi.fr/software/seaview
 * '''Descrizione''': Semplice editor per la manipolazione di allineamenti multipli.
 * '''Licenza''': GNU GPL

== T-Coffee ==

 * '''Sito''': http://www.tcoffee.org/
 * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''.
 * '''Licenza''': GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License

= Chimica Computazionale =

== AMBER ==

 * '''Sito''': https://ambermd.org
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa.
 * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

== AutoDock ==

 * '''Sito''': http://autodock.scripps.edu/
 * '''Descrizione''': suite di tool per eseguire calcoli di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Docking_(chimica)|docking]]'', predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.
 * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache

== Chimera ==

 * '''Sito''': https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
 * '''Descrizione''': software per la visualizzazione e l'analisi interattiva di strutture molecolari e dati correlati, tra cui mappe di densità, complessi supramolecolari, allineamenti di sequenze, risultati di docking, traiettorie e ensemble conformazionali.
 * '''Licenza''': Free per uso non commerciale

== GROMACS ==

 * '''Sito''': https://www.gromacs.org/
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.
 * '''Licenza''': GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

== Modeller ==

 * '''Sito''': https://salilab.org/modeller/
 * '''Descrizione''': Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Homology_modeling|homology modeling]]''
 * '''Licenza''': Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

== NAMD ==

 * '''Sito''': https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio ''[[https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/node63.html|Accelerated Molecular Dynamics]]'')
 * '''Licenza''': Software proprietario, freeware for noncommercial use

== PyMOL ==

 * '''Sito''': https://pymol.org/
 * '''Descrizione''': viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare
{{{#!wiki important
 * '''Licenza''': la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/PyMOL|progetti open e free]]'' ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti
}}}

== Rosetta ==
 * '''Sito''': https://www.rosettacommons.org/
 * '''Descrizione''': software per la modellazione ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Metodo_ab_initio|ab initio]]'' di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.
 * '''Licenza''': Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico

== VMD ==

 * '''Sito''': http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
 * '''Descrizione''': viewer molecolare particolarmente versatile per la visualizzazione grafica di simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]''
 * '''Licenza''': Distribution specific
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'''Partecipare alla documentazione''': https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=468095 = Ulteriori risorse online =
Linea 10: Linea 116:
{{{
Hai trovato degli errori sulle guide del [url=http://wiki.ubuntu-it.org/Documentazione/Indice]wiki[/url] o pagine obsolete?
Pensi che sia necessario creare una nuova guida o migliorarne una già esistente?		  * '''[[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi|BLAST]]''' : servizi per l' ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze|allineamento locale di sequenze]]'' offerto dall'NIH
Linea 14: Linea 118:
[align=center][b]Comunicalo in questa sezione, ma soprattutto...
[size=150]crea e modifica pagine tu stesso![/size][/b][/align]		  * '''[[https://www.ensembl.org/|Ensembl]]''' : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
Linea 17: Linea 120:
1. [b]Iscriviti al wiki[/b]: occorre creare un [url=https://wiki.ubuntu-it.org/GuidaWiki/IscriversiAlWiki]account[/url].
2. [b]Non hai dimestichezza?[/b]: dai un'occhiata alla [url=https://wiki.ubuntu-it.org/GruppoDocumentazione/Partecipa]guida introduttiva[/url].
3. [b]Crea una[/b] [url=https://wiki.ubuntu-it.org/PaginaPersonalehttp://]pagina personale[/url]: può essere utile sia come profilo personale che per fare pratica ;) 		 * '''[[https://usegalaxy.org/|Galaxy]]''' : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili
Linea 21: Linea 122:
[size=150]Modificare e creare guide[/size]  * '''[[https://www.genome.jp/kegg/pathway.html|KEGG Pathway Database]]''' : database di pathway metabolici
Linea 23: Linea 124:
[list]
[*] Se trovi nomi sbagliati, errori ortografici, collegamenti errati o altre inesattezze facili da modificare, [b]correggili[/b] senza timore.
[*] Se vuoi [b]aggiornare una guida esistente[/b]:
[list=1]
 [*]comunica sul [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewforum.php?f=46]forum[/url] le problematiche riscontrate e come intendi agire, potrai in questo modo discutere con le altre persone che si occupano della documentazione sulle correzioni che vuoi effettuare; ricorda che ogni guida ha sotto l'indice un link alla discussione di riferimento;
 [*]crea una pagina di prova per testare le modifiche prima di incollarle nella guida esistente; quando sarà pronta, modifica la guida originale applicando le correzioni necessarie;
 [*]a lavoro ultimato, segnala nella discussione appropriata del [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewforum.php?f=46]forum[/url] che hai finito il lavoro;
 [*]per tenere traccia di quanto fatto, inserisci nella pagina [url=https://wiki.ubuntu-it.org/GruppoDocumentazione/LavoroSvolto]Lavoro svolto[/url] le informazioni relative alle modifiche fatte, lasciando libera l'ultima colonna "Revisore". [/list]
[*] Se vuoi [b]creare una nuova guida[/b]:
[list=1]
[*]apri una nuova discussione sul [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewforum.php?f=46]forum[/url] scrivendo che guida intendi creare, potrai in questo modo discuterne con le altre persone che si occupano della documentazione;
[*]crea un nuovo documento con un nome appropriato, quindi riempilo di contenuti;
[*]quando ritieni che la nuova guida sia pronta, inserisci il link con breve descrizione in una delle [url=https://wiki.ubuntu-it.org/Documentazione#aree_tematiche]aree tematiche[/url] di appartenenza;
[*]a lavoro ultimato, segnala nella discussione del [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewforum.php?f=46]forum[/url] da te creata che hai finito il lavoro;
[*]per tenere traccia di quanto fatto, inserisci nella pagina [url=https://wiki.ubuntu-it.org/GruppoDocumentazione/LavoroSvolto]Lavoro svolto[/url] le informazioni relative alle modifiche fatte, lasciando libera l'ultima colonna "Revisore". [/list][/list]		  * '''[[https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/|MSA tools]]''' : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
Linea 39: Linea 126:
 * '''[[https://reactome.org/|Reactome]]''' : database di pathway metabolici
Linea 40: Linea 128:
Per dubbi e approfondimenti consulta pure la pagina [b][url=https://wiki.ubuntu-it.org/GruppoDocumentazione/Partecipa/FAQ]FAQ[/url][/b]. In caso di ulteriori dubbi non esitare a contattarci. Grazie a chiunque per il suo contributo! :)  * '''[[https://www.rcsb.org/|Protein Data Bank]]''' : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente
Linea 42: Linea 130:
[align=center]Link utili: [url=http://wiki.ubuntu-it.org/GruppoDocumentazione/Partecipa]per iniziare[/url] - [url=http://wiki.ubuntu-it.org/Indice]Docuemtnazione Wiki[/url] - [url=http://wiki.ubuntu-it.org/GruppoDocumentazione]Gruppo Documentazione[/url][/align]
}}}		  * '''[[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/|PubMed]]''' : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed
Linea 45: Linea 132:
 * '''[[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway|UCSC Genome Browser]]''' : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi

 * '''[[https://www.uniprot.org/uniprot|UniProtKB]]''' : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)


Problemi in questa pagina? Segnalali in questa discussione

Introduzione

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.

Bioinformatica

BioConda

  • Sito: https://bioconda.github.io

  • Descrizione: Bioconda è un repository di software per la bioinformatica distribuito sul package manager Conda.

  • Licenza: MIT License (più licenze specifiche per i singoli pacchetti)

BioconductoR

  • Sito: https://www.bioconductor.org/

  • Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)

  • Licenza: Artistic License 2.0

Biopython

  • Sito: https://biopython.org/

  • Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.

  • Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License

CytoScape

  • Sito: https://cytoscape.org/

  • Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.

  • Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)

Muscle

Seaview

T-Coffee

Chimica Computazionale

AMBER

  • Sito: https://ambermd.org

  • Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.

  • Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

AutoDock

  • Sito: http://autodock.scripps.edu/

  • Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.

  • Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache

Chimera

  • Sito: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

  • Descrizione: software per la visualizzazione e l'analisi interattiva di strutture molecolari e dati correlati, tra cui mappe di densità, complessi supramolecolari, allineamenti di sequenze, risultati di docking, traiettorie e ensemble conformazionali.

  • Licenza: Free per uso non commerciale

GROMACS

  • Sito: https://www.gromacs.org/

  • Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.

  • Licenza: GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

Modeller

  • Sito: https://salilab.org/modeller/

  • Descrizione: Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del homology modeling

  • Licenza: Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

NAMD

PyMOL

  • Sito: https://pymol.org/

  • Descrizione: viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare

  • Licenza: la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono progetti open e free ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti

Rosetta

  • Sito: https://www.rosettacommons.org/

  • Descrizione: software per la modellazione ab initio di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.

  • Licenza: Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico

VMD

Ulteriori risorse online

  • BLAST : servizi per l' allineamento locale di sequenze offerto dall'NIH

  • Ensembl : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

  • Galaxy : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili

  • KEGG Pathway Database : database di pathway metabolici

  • MSA tools : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

  • Reactome : database di pathway metabolici

  • Protein Data Bank : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente

  • PubMed : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed

  • UCSC Genome Browser : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi

  • UniProtKB : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)

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