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| Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca. | Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. I contenuti sono divisi in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca. |
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| * '''Sito''': https://bioconda.github.io | * '''Sito''': https://bioconda.github.io/ |
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| * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo) | * '''Descrizione''': collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo). |
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| * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico. | * '''Descrizione''': insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico. |
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| * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro. | * '''Descrizione''': piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro. |
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| * '''Descrizione''': Piattaforma per l’analisi di dati di proteomica quantitativa, in particolare MaxQuant è disegnato specificamente per l’analisi di dataset da spettrometria di massa. | * '''Descrizione''': piattaforma per l’analisi di dati di proteomica quantitativa, in particolare MaxQuant è disegnato specificamente per l’analisi di dataset da spettrometria di massa. |
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| * '''Descrizione''': Semplice editor per la manipolazione di allineamenti multipli. | * '''Descrizione''': semplice editor per la manipolazione di allineamenti multipli. |
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| * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''. | * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''. |
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| * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS | * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS. |
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| * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache | * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache |
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| * '''Descrizione''': il Collaborative Computational Project Number 4 (ccp4) è un progetto istituito nel 1979 per supportare la collaborazione tra ricercatori che lavorano nello sviluppo di software e assemblare una raccolta completa di software per la biologia strutturale. Esiste un progetto derivato (Collaborative Computational Project for Electron cryo-Microscopy - ''[[https://www.ccpem.ac.uk|ccp-em]]'') dedicato alla ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Microscopia_crioelettronica|microscopia crioelettronica]]''. * '''Licenza''': (credo dipenda dai singoli pacchetti della raccolta) |
* '''Descrizione''': il ''Collaborative Computational Project Number 4'' ('''ccp4''') è un progetto istituito nel 1979 per supportare la collaborazione tra ricercatori che lavorano nello sviluppo di software e assemblare una raccolta completa di software per la biologia strutturale. Esiste un progetto derivato (''Collaborative Computational Project for Electron cryo-Microscopy'' - ''[[https://www.ccpem.ac.uk|ccp-em]]'') dedicato alla ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Microscopia_crioelettronica|microscopia crioelettronica]]''. * '''Licenza''': dipenda dai singoli pacchetti della raccolta. |
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| * '''Descrizione''': viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare {{{#!wiki important * '''Licenza''': la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/PyMOL|progetti open e free]]'' ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti |
* '''Descrizione''': viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare. * '''Licenza''': la versione attuale di '''PyMOL''' è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger. {{{#!wiki important Esistono [[https://it.wikipedia.org/wiki/PyMOL|progetti open e free]] ma potrebbero riguardare vecchie versioni forse non più mantenute. |
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| * '''Descrizione''': software per la modellazione ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Metodo_ab_initio|ab initio]]'' di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online. | * '''Descrizione''': software per la modellazione ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Metodo_ab_initio|ab initio]]'' di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto '''Rosetta''' viene distribuito anche come servizio online. |
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| * '''Descrizione''': suite per i calcoli della struttura elettronica la modellazione di materiali, si basa sulla teoria del funzionale della densità (''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Teoria_del_funzionale_della_densit%C3%A0|DFT]]'') | * '''Descrizione''': suite per i calcoli della struttura elettronica la modellazione di materiali, si basa sulla teoria del funzionale della densità (''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Teoria_del_funzionale_della_densit%C3%A0|DFT]]''). |
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| * '''[[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi|BLAST]]''' : servizi per l' ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze|allineamento locale di sequenze]]'' offerto dall'NIH | * '''[[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi|BLAST]]''' : servizi per l' ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze|allineamento locale di sequenze]]'' offerto dall'NIH. * '''[[https://www.ensembl.org/|Ensembl]]''' : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory). * '''[[https://usegalaxy.org/|Galaxy]]''' : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili. * '''[[https://www.genecards.org|GeneCards]]''' : questo portale rappresenta il punto di partenza per reperire una grande quantità di informazioni e annotazioni sui geni umani. * '''[[https://www.genepattern.org/|GenePattern]]''' : piattaforma per l'analisi dell'espressione genica (RNA-seq and microarray), copy number variation, proteomica, citometria di flusso e network analysis. * '''[[https://www.genome.jp/kegg/pathway.html|KEGG Pathway Database]]''' : database di pathway metabolici. * '''[[https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/|MSA tools]]''' : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory). * '''[[https://reactome.org/|Reactome]]''' : database di pathway metabolici. * '''[[https://pandas.pydata.org/|pandas]]''' : libreria software scritta per il linguaggio di programmazione Python per la manipolazione e l'analisi dei dati. * '''[[https://www.rcsb.org/|Protein Data Bank]]''' : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente. * '''[[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/|PubMed]]''' : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed. * '''[[https://taverna.incubator.apache.org/|Taverna]]''' : piattaforma per la progettazione e l'esecuzione di workflow. * '''[[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway|UCSC Genome Browser]]''' : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi * '''[[https://www.uniprot.org/uniprot|UniProtKB]]''' : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali). |
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| * '''[[https://www.ensembl.org/|Ensembl]]''' : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory) | = Ulteriori risorse = |
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| * '''[[https://usegalaxy.org/|Galaxy]]''' : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili | * [[https://help.ubuntu.com/community/UbuntuScience/Biology|Guida sul wiki internazionale con ulteriori voci dal quale questa pagina prende spunto.]] |
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| * '''[[https://www.genecards.org|GeneCards]]''' : questo portale rappresenta il punto di partenza per reperire una grande quantità di informazioni e annotazioni sui geni umani * '''[[https://www.genepattern.org/|GenePattern]]''' : piattaforma per l'analisi dell'espressione genica (RNA-seq and microarray), copy number variation, proteomica, citometria di flusso e network analysis. * '''[[https://www.genome.jp/kegg/pathway.html|KEGG Pathway Database]]''' : database di pathway metabolici * '''[[https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/|MSA tools]]''' : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory) * '''[[https://reactome.org/|Reactome]]''' : database di pathway metabolici * '''[[https://pandas.pydata.org/|pandas]]''' : libreria software scritta per il linguaggio di programmazione Python per la manipolazione e l'analisi dei dati. * '''[[https://www.rcsb.org/|Protein Data Bank]]''' : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente * '''[[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/|PubMed]]''' : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed * '''[[https://taverna.incubator.apache.org/|Taverna]]''' : piattaforma per la progettazione e l'esecuzione di workflow * '''[[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway|UCSC Genome Browser]]''' : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi * '''[[https://www.uniprot.org/uniprot|UniProtKB]]''' : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali) = Revisione richiesta = {{{#!wiki tip Esiste la wiki ''[[https://help.ubuntu.com/community/UbuntuScience/Biology|UbuntuScience.Biology]]'' con diverse altre risorse da visionare... }}} |
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Introduzione
Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. I contenuti sono divisi in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
Bioinformatica
BioConda
Descrizione: Bioconda è un repository di software per la bioinformatica distribuito sul package manager Conda.
Licenza: MIT License (più licenze specifiche per i singoli pacchetti)
BioconductoR
Descrizione: collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo).
Licenza: Artistic License 2.0
Biopython
Sito: https://biopython.org/
Descrizione: insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License
CytoScape
Sito: https://cytoscape.org/
Descrizione: piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.
Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)
MaxQuant/Perseus
Sito: https://maxquant.net/
Descrizione: piattaforma per l’analisi di dati di proteomica quantitativa, in particolare MaxQuant è disegnato specificamente per l’analisi di dataset da spettrometria di massa.
Licenza: Freeware
Muscle
Descrizione: tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.
Licenza: Public Domain
PHYLIP
Descrizione: pacchetto di programmi per inferire alberi evolutivi e fare analisi filogenetiche.
Licenza: FOSS
Seaview
Descrizione: semplice editor per la manipolazione di allineamenti multipli.
Licenza: GNU GPL
T-Coffee
Sito: http://www.tcoffee.org/
Descrizione: piattaforma integrata tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di struttura secondaria.
Licenza: GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License
UGENE
Sito: http://ugene.net/
Descrizione: piattaforma integrata per l'analisi di dati biologici come sequenze, annotazioni, allineamenti multipli, alberi filogenetici, assembly NGS e molto altro.
Licenza: GNU GPL v2.0
Chimica Computazionale
AMBER
Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS.
AutoDock
Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.
Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache
ccp4
Sito: https://www.ccp4.ac.uk/
Descrizione: il Collaborative Computational Project Number 4 (ccp4) è un progetto istituito nel 1979 per supportare la collaborazione tra ricercatori che lavorano nello sviluppo di software e assemblare una raccolta completa di software per la biologia strutturale. Esiste un progetto derivato (Collaborative Computational Project for Electron cryo-Microscopy - ccp-em) dedicato alla microscopia crioelettronica.
Licenza: dipenda dai singoli pacchetti della raccolta.
Chimera
Descrizione: software per la visualizzazione e l'analisi interattiva di strutture molecolari e dati correlati, tra cui mappe di densità, complessi supramolecolari, allineamenti di sequenze, risultati di docking, traiettorie e ensemble conformazionali.
Licenza: Free per uso non commerciale
GROMACS
Sito: https://www.gromacs.org/
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.
Licenza: GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1
Modeller
Descrizione: Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del homology modeling
Licenza: Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale
NAMD
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio Accelerated Molecular Dynamics)
Licenza: Software proprietario, freeware for noncommercial use
Open Babel
Descrizione: toolbox per la conversione di formati di file chimici.
Licenza: GNU GPL v2.0
PyMOL
Sito: https://pymol.org/
Descrizione: viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare.
Licenza: la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger.
Esistono progetti open e free ma potrebbero riguardare vecchie versioni forse non più mantenute.
Rosetta
Descrizione: software per la modellazione ab initio di macromolecole, punto di riferimento per la predizione di strutture proteiche. Considerato l'intensivo sforzo di calcolo richiesto Rosetta viene distribuito anche come servizio online.
Licenza: Commerciale, liberamente disponibile per uso accademico
Quantum ESPRESSO
Descrizione: suite per i calcoli della struttura elettronica la modellazione di materiali, si basa sulla teoria del funzionale della densità (DFT).
Licenza: GNU GPL
VMD
Descrizione: viewer molecolare particolarmente versatile per la visualizzazione grafica di simulazioni di dinamica molecolare
Licenza: Distribution specific
Ulteriori risorse online
BLAST : servizi per l' allineamento locale di sequenze offerto dall'NIH.
Ensembl : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory).
Galaxy : piattaforma integrata per l'analisi di dati genomici, offre numerosi tool da combinare in workflow customizzabili.
GeneCards : questo portale rappresenta il punto di partenza per reperire una grande quantità di informazioni e annotazioni sui geni umani.
GenePattern : piattaforma per l'analisi dell'espressione genica (RNA-seq and microarray), copy number variation, proteomica, citometria di flusso e network analysis.
KEGG Pathway Database : database di pathway metabolici.
MSA tools : tools online di allineamento multiplo di sequenze, hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory).
Reactome : database di pathway metabolici.
pandas : libreria software scritta per il linguaggio di programmazione Python per la manipolazione e l'analisi dei dati.
Protein Data Bank : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente.
PubMed : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed.
Taverna : piattaforma per la progettazione e l'esecuzione di workflow.
UCSC Genome Browser : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi
UniProtKB : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali).
