Introduzione

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.

Bioinformatica

BioconductoR

• Sito: https://www.bioconductor.org/

• Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)

• Licenza: Artistic License 2.0

Biopython

• Sito: https://biopython.org/

• Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.

• Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License

CytoScape

• Sito: https://cytoscape.org/

• Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.

• Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)

Muscle

• Sito: http://www.drive5.com/muscle/

• Descrizione: tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.

• Licenza: Public Domain

T-Coffee

• Sito: http://www.tcoffee.org/

• Descrizione: piattaforma integrata tool per allineamento multiplo di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di struttura secondaria.

• Licenza: GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License

Chimica Computazionale

AMBER

• Sito: https://ambermd.org

• Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.

• Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

AutoDock

• Sito: http://autodock.scripps.edu/

• Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.

• Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache

GROMACS

• Sito: https://www.gromacs.org/

• Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.

• Licenza: GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1

Modeller

• Sito: https://salilab.org/modeller/

• Descrizione: Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del homology modeling

• Licenza: Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale

NAMD

• Sito: https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

• Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio Accelerated Molecular Dynamics)

• Licenza: Software proprietario, freeware for noncommercial use

PyMOL

• Sito: https://pymol.org/

• Descrizione: viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare

VMD

• Sito:

• Descrizione:

• Licenza:

Ulteriori risorse

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