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| <<Indice(depth=1)>> <<Informazioni(rilasci="17.10 17.04 16.04 14.04")>> |
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| Questa pagina contiene esempi di un buon file `/etc/apt/sources.list` per Ubuntu. Sono attivi i [[Repository/Componenti|componenti]] '''main''', '''restricted''', '''universe''', '''multiverse''' e gli aggiornamenti normali e quelli di sicurezza. Per la modifica del file dei repository del sistema consultare la [[Repository|relativa guida]]. | Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca. |
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| Per quanto riguarda i repository aggiuntivi, esistono anche i cosiddetti '''proposed''' (''trusty-proposed'', ecc...), adatti però non agli utenti finali, ma soltanto a chi desidera controllarne il corretto funzionamento in quanto contenenti pacchetti potenzialmente instabili, che potrebbero in alcuni casi anche inficiare il corretto funzionamento di APT. | = Bioinformatica = |
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| <<Anchor(zesty)>> = Ubuntu 17.10 Artful Aardvark = |
== BioconductoR == |
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| {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse |
* '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo) * '''Licenza''': Artistic License 2.0 |
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| deb http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse |
== Biopython == |
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| deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse |
* '''Sito''': https://biopython.org/ * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico. * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]'' == CytoScape == * '''Sito''': https://cytoscape.org/ * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro. * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License) == Muscle == * '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/ * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D. * '''Licenza''': Public Domain == T-Coffee == * '''Sito''': http://www.tcoffee.org/ * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''. * '''Licenza''': GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License = Chimica Computazionale = == AMBER == * '''Sito''': https://ambermd.org * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa. * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS == AutoDock == * '''Sito''': http://autodock.scripps.edu/ * '''Descrizione''': suite di tool per eseguire calcoli di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Docking_(chimica)|docking]]'', predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente. * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache == GROMACS == * '''Sito''': https://www.gromacs.org/ * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre. * '''Licenza''': GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1 == Modeller == * '''Sito''': https://salilab.org/modeller/ * '''Descrizione''': Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Homology_modeling|homology modeling]]'' * '''Licenza''': Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale == NAMD == * '''Sito''': https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio ''[[https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/node63.html|Accelerated Molecular Dynamics]]'') * '''Licenza''': Software proprietario, freeware for noncommercial use == PyMOL == * '''Sito''': https://pymol.org/ * '''Descrizione''': viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare {{{#!wiki important * '''Licenza''': la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/PyMOL|progetti open e free]]'' ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti |
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| == Repository aggiuntivi == | == VMD == |
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| <<Anchor(artful-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu artful-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu artful-backports main restricted universe multiverse }}} <<Anchor(artful-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu artful partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu artful partner }}} <<Anchor(zesty)>> = Ubuntu 17.04 Zesty Zapus = {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty main universe restricted multiverse deb http://security.ubuntu.com/ubuntu zesty-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu zesty-security main universe restricted multiverse deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-updates main universe restricted multiverse }}} == Repository aggiuntivi == <<Anchor(zesty-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu zesty-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu zesty-backports main restricted universe multiverse }}} <<Anchor(zesty-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu zesty partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu zesty partner }}} <<Anchor(xenial)>> = Ubuntu 16.04 Xenial Xerus = {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main universe restricted multiverse deb http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security main universe restricted multiverse deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main universe restricted multiverse }}} == Repository aggiuntivi == <<Anchor(xenial-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports main restricted universe multiverse }}} <<Anchor(xenial-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner }}} |
* '''Sito''': http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ * '''Descrizione''': viewer molecolare particolarmente versatile per la visualizzazione grafica di simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'' * '''Licenza''': Distribution specific |
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| <<Anchor(trusty)>> = Ubuntu 14.04 LTS Trusty Tahr = |
= Ulteriori risorse online = |
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| {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main universe restricted multiverse |
''[[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi|BLAST]]'' : servizi per l' ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Allineamento_di_sequenze|allineamento locale di sequenze]]'' offerto dall'NIH |
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| deb http://security.ubuntu.com/ubuntu trusty-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu trusty-security main universe restricted multiverse |
''[[https://www.ensembl.org/|Ensembl]]'' : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory) |
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| deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates main universe restricted multiverse }}} |
''[[https://www.genome.jp/kegg/pathway.html|KEGG Pathway Database]]'' : database di pathway metabolici |
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| == Repository aggiuntivi == | ''[[https://reactome.org/|Reactome]]'' : database di pathway metabolici |
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| <<Anchor(trusty-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-backports main restricted universe multiverse }}} |
''[[https://www.rcsb.org/|Protein Data Bank]]'' : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente |
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| <<Anchor(trusty-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu trusty partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu trusty partner }}} |
''[[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/|PubMed]]'' : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed |
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| ##= Versione in fase di sviluppo = ##Compilare dopo l'annuncio di Ubuntu 17.10 ##||<tablestyle="text-align: justify; width:100%; " style="border:none;" 5%><<Immagine(Icone/Grandi/info.png,,center)>> ||<style="padding:0.5em; border:none;">Leggere la pagina [[Ubuntu+1]] per informazioni sulla versione di sviluppo corrente.|| |
''[[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway|UCSC Genome Browser]]'' : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi ''[[https://www.uniprot.org/uniprot|UniProtKB]]'' : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali) |
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| = Versione in fase di sviluppo = Non ancora disponibile. ##||<tablestyle="text-align: justify; width:100%; " style="border:none;" 5%><<Immagine(Icone/Grandi/info.png,,center)>> ##||<style="padding:0.5em; border:none;">Leggere la pagina [[Ubuntu+1]] per informazioni sulla versione di sviluppo corrente.|| ## SOSTITUIRE artful CON LA NUOVA VERSIONE IN SVILUPPO UNA VOLTA NOTO IL NOME ##<<Anchor(artful)>> ##== Ubuntu 17.10 Artful Aardvark == ## ##{{{ ##deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse ##deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse ## ##deb http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse ##deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse ## ##deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse ##deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse ##}}} = Versioni non più supportate EOL = Per le versioni di Ubuntu che hanno raggiunto il termine del ciclo di supporto, per le quali non verranno più forniti aggiornamenti (compresi gli aggiornamenti di sicurezza), fare riferimento alla [[Repository/SourcesList/EOL|relativa pagina]]. = Ulteriori risorse = * [[Repository|Guida ai repository]] * [[Ubuntu+1|Informazioni sulla versione in fase di sviluppo]] * [[Repository/SourcesList/EOL|File sources.list nelle versioni EOL]] |
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Introduzione
Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
Bioinformatica
BioconductoR
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0
Biopython
Sito: https://biopython.org/
Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License
CytoScape
Sito: https://cytoscape.org/
Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.
Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)
Muscle
Descrizione: tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.
Licenza: Public Domain
T-Coffee
Sito: http://www.tcoffee.org/
Descrizione: piattaforma integrata tool per allineamento multiplo di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di struttura secondaria.
Licenza: GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License
Chimica Computazionale
AMBER
Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
AutoDock
Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.
Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache
GROMACS
Sito: https://www.gromacs.org/
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto utile per i numerosi tool di analisi post-produzione che offre.
Licenza: GNU Lesser General Public License (LGPL), version 2.1
Modeller
Descrizione: Software per la creazione di modelli strutturali di proteine usando l’approccio del homology modeling
Licenza: Software proprietario: academic nonprofit freeware, Software commerciale
NAMD
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, particolarmente adatto per simulazioni avanzate di meta-dinamica (ad esempio Accelerated Molecular Dynamics)
Licenza: Software proprietario, freeware for noncommercial use
PyMOL
Sito: https://pymol.org/
Descrizione: viewer molecolare di alto livello, ideale per la produzione di materiale da pubblicare o presentare
Licenza: la versione attuale di PyMOL è chiusa e a pagamento rilasciata da Schrodinger, esistono progetti open e free ma mi sembra riguardino versioni vecchie e non so se sono ancora mantenuti
VMD
Descrizione: viewer molecolare particolarmente versatile per la visualizzazione grafica di simulazioni di dinamica molecolare
Licenza: Distribution specific
Ulteriori risorse online
BLAST : servizi per l' allineamento locale di sequenze offerto dall'NIH
Ensembl : browser genomico hostato dall'EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
KEGG Pathway Database : database di pathway metabolici
Reactome : database di pathway metabolici
Protein Data Bank : repository di strutture 3D di macromolecole (proteine, acidi nucleici) risolte sperimentalmente
PubMed : portale per la ricerca bibliografica di articoli scientifici peer reviewed
UCSC Genome Browser : browser genomico per visualizzare dove mappano i geni sui genomi di diversi organismi
UniProtKB : repository di annotazioni funzionali di proteine(sperimentali e computazionali)
