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Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca. = Bioinformatica = == BioconductoR == * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo) * '''Licenza''': Artistic License 2.0 == Biopython == * '''Sito''': https://biopython.org/ * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico. * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]'' == CytoScape == * '''Sito''': https://cytoscape.org/ * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro. * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License) == Muscle == * '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/ * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software permette di integrare nell'allineamento strutture 3D e profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''. * '''Licenza''': Public Domain == T-Coffee == * '''Sito''': https://it.wikipedia.org/wiki/T-Coffee * '''Descrizione''': * '''Licenza''': = Chimica Computazionale = == AMBER == * '''Sito''': https://ambermd.org * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa. * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS == AutoDock == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': == GROMACS == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': == Modeller == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': == NAMD == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': == PyMOL == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': == VMD == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': = Ulteriori risorse = |
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Introduzione
Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
Bioinformatica
BioconductoR
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0
Biopython
Sito: https://biopython.org/
Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License
CytoScape
Sito: https://cytoscape.org/
Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.
Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)
Muscle
Descrizione: tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software permette di integrare nell'allineamento strutture 3D e profili di struttura secondaria.
Licenza: Public Domain
T-Coffee
Descrizione:
Licenza:
Chimica Computazionale
AMBER
Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
AutoDock
Sito:
Descrizione:
Licenza:
GROMACS
Sito:
Descrizione:
Licenza:
Modeller
Sito:
Descrizione:
Licenza:
NAMD
Sito:
Descrizione:
Licenza:
PyMOL
Sito:
Descrizione:
Licenza:
VMD
Sito:
Descrizione:
Licenza:
