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Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due filoni principali, bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici in biologia, possiamo assumere che queste siano le principali discipline. Siamo consapevoli che esistano sfumature ed approcci molteplici, di cui terremo debitamente conto nei successivi aggiornamenti della pagina. = Bioinformatica = == BioconductoR == * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo) * '''Licenza''': Artistic License 2.0 = Chimica Computazionale = == AMBER == * '''Sito''': https://ambermd.org * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa. * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS = Ulteriori risorse = |
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Introduzione
Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due filoni principali, bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici in biologia, possiamo assumere che queste siano le principali discipline. Siamo consapevoli che esistano sfumature ed approcci molteplici, di cui terremo debitamente conto nei successivi aggiornamenti della pagina.
Bioinformatica
BioconductoR
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0
Chimica Computazionale
AMBER
Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
