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| <<Informazioni(rilasci="20.04 20.10")>> | <<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=644949")>> |
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| Per poter aggiungere funzionalità all'ambiente [[AmbienteGrafico/Gnome|GNOME]] è possibile installare delle estensioni. Tipicamente le estensioni sono installabili e gestibili dal sito [[https://extensions.gnome.org/|GNOME Extensions]], tuttavia '''Ubuntu''' ne presenta alcune di esse preinstallate nel classico formato [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi/PacchettiDebian|.deb]]. | Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca. |
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| In questa guida verrà mostrato quali estensioni siano già presenti sul sistema, come installarne di nuove e come gestirle. | = Bioinformatica = |
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| {{{#!wiki important Alcune estensioni possono essere incompatibili con la versione di GNOME o di Ubuntu in uso, oppure andare in conflitto con altre già presenti. Per qualsiasi problema fare riferimento alle pagine dei singoli progetti. }}} |
== BioconductoR == |
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| = Estensioni preinstallate = | * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo) * '''Licenza''': Artistic License 2.0 |
| Linea 19: | Linea 20: |
| Vengono qui riportate le estensioni preinstallate in Ubuntu in formato `.deb`. | == Biopython == |
| Linea 21: | Linea 22: |
| <<Anchor(icone_desktop)>> == Desktop Icons == |
* '''Sito''': https://biopython.org/ * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico. * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]'' |
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| * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-desktop-icons|gnome-shell-extension-desktop-icons]] | == CytoScape == |
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| L'ambiente '''GNOME''' nelle versioni più recenti non prevede l'utilizzo di file sul desktop. Questa estensione ne permette l'utilizzo. | * '''Sito''': https://cytoscape.org/ * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro. * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License) |
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| === Problemi noti === | == Muscle == |
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| * '''Mancanza drag & drop''': l'applicazione non permette di trascinare file dal desktop alle cartelle e viceversa.<<BR>>Diversi utenti preferiscono utilizzare al suo posto la più recente [[https://extensions.gnome.org/extension/2087/desktop-icons-ng-ding/|Desktop Icons NG (DING)]] che integra queste funzionalità. In tal caso, per evitare conflitti (in certi casi lo sdoppiamento delle icone sul desktop) è consigliabile disinstallare l'applicazione originale digitando nel [[AmministrazioneSistema/Terminale|terminale]]:{{{ sudo apt purge gnome-shell-extension-desktop-icons }}} |
* '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/ * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D. * '''Licenza''': Public Domain |
| Linea 34: | Linea 38: |
| * '''Bug in Ubuntu 20.10 - [risolto]''': se si è appena installata Ubuntu 20.10 a causa del bug [[https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-shell-extension-desktop-icons/+bug/1898462|1898462]] tentando di trascinare file dal desktop verso cartelle e viceversa (funzionalità comunque non prevista), si avrà un crash del desktop che obbligherà al riavvio forzato del sistema.<<BR>>Il bug è stato nel frattempo risolto, pertanto sarà sufficiente effettuare gli [[AmministrazioneSistema/Aggiornamenti|aggiornamenti]] di sistema per correggere il pacchetto. | == T-Coffee == |
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| == Ubuntu Dock == | * '''Sito''': http://www.tcoffee.org/ * '''Descrizione''': piattaforma integrata tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''. * '''Licenza''': GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License |
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| * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-ubuntu-dock|gnome-shell-extension-ubuntu-dock]] | = Chimica Computazionale = |
| Linea 40: | Linea 46: |
| L'ambiente '''GNOME''' non prevede l'utilizzo di una barra delle applicazioni o di una dock. Questa estensione, versione modificata di [[https://extensions.gnome.org/extension/307/dash-to-dock/|Dash to Dock]], permette l'utilizzo di una [[AmbienteGrafico/Gnome/Glossario#dock|dock laterale]]. | == AMBER == |
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| == Ubuntu Appindicators == | * '''Sito''': https://ambermd.org * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa. * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS |
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| * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-appindicator|gnome-shell-extension-appindicator]] | == AutoDock == |
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| Questa estensione permette alle applicazione che ne fanno uso, di inserire una propria icona fra gli [[AmbienteGrafico/Gnome/Glossario#indicatori|indicatori]] di sistema in alto a destra. | * '''Sito''': http://autodock.scripps.edu/ * '''Descrizione''': suite di tool per eseguire calcoli di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Docking_(chimica)|docking]]'', predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente. * '''Licenza''': GNU General Public License, Licenza Apache |
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| <<Anchor(sito_extensions)>> = Sito GNOME Extensions = |
== GROMACS == |
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| Dal sito ufficiale è possibile installare e gestire ulteriori estensioni. | * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
| Linea 53: | Linea 64: |
| == Preparativi == | == Modeller == |
| Linea 55: | Linea 66: |
| 0. Ad eccezione di '''Epiphany/Web''', per i principali browser sarà necessario [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://chrome-gnome-shell|chrome-gnome-shell]]. 0. In automatico il sito dovrebbe installare a seconda del browser il rispettivo componente aggiuntivo. Per installarli manualmente: * [[https://addons.mozilla.org/it/firefox/addon/gnome-shell-integration/|Firefox]] * [[https://chrome.google.com/webstore/detail/gnome-shell-integration/gphhapmejobijbbhgpjhcjognlahblep|Chromium, Google Chrome, Vivaldi]] * [[https://addons.opera.com/en/extensions/details/gnome-shell-integration/|Opera]] |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
| Linea 61: | Linea 70: |
| == Installazioni e gestione estensioni == | == NAMD == |
| Linea 63: | Linea 72: |
| * È possibile effettuare '''ricerche e installazioni''' al [[https://extensions.gnome.org/|seguente indirizzo]]. * Gli strumenti per la '''gestione delle estensioni''' (attivazione/disattivazione, impostazioni, aggiornamento...) sono disponibili al [[https://extensions.gnome.org/local/|seguente indirizzo]]. |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
| Linea 66: | Linea 76: |
| <<Anchor(alternative)>> = Strumenti alternativi = |
== PyMOL == |
| Linea 69: | Linea 78: |
| == App per gestire estensioni == | * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
| Linea 71: | Linea 82: |
| Allo stato attuale i seguenti software non sono in grado di installare estensioni, sono però utili per gestirne le impostazioni: * '''Estensioni''': [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://gnome-shell-extension-prefs|gnome-shell-extension-prefs]]. * '''Tweaks''': [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://gnome-tweak-tool|gnome-tweak-tool]]. (Maggiori informazioni alla [[AmbienteGrafico/Gnome/Personalizzazione#gnome-tweak-tool|seguente pagina]]). |
== VMD == * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
| Linea 77: | Linea 91: |
| * [[https://extensions.gnome.org|Sito ufficiale delle estensioni]] | |
| Linea 80: | Linea 94: |
| CategoryAmministrazione CategoryGrafica | CategoryHomepage |
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Introduzione
Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
Bioinformatica
BioconductoR
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0
Biopython
Sito: https://biopython.org/
Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License
CytoScape
Sito: https://cytoscape.org/
Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.
Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)
Muscle
Descrizione: tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software è particolarmente indicato per eseguire allineamenti strutturali con strutture 3D.
Licenza: Public Domain
T-Coffee
Sito: http://www.tcoffee.org/
Descrizione: piattaforma integrata tool per allineamento multiplo di sequenze. Questp software è noto per le sue performance, permette di usare anche profili di struttura secondaria.
Licenza: GNU GPL, Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License
Chimica Computazionale
AMBER
Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
AutoDock
Descrizione: suite di tool per eseguire calcoli di docking, predice pose strutturali su come piccole molecole possano legarsi a recettori la cui struttura 3D è nota sperimentalmente.
Licenza: GNU General Public License, Licenza Apache
GROMACS
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