Introduzione

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due filoni principali, bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.

Bioinformatica

BioconductoR

Sito: https://www.bioconductor.org/
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0

Chimica Computazionale

AMBER

Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

Ulteriori risorse

CategoryHomepage

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  Autore: dario-corrada
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-Linea 5:
+Linea 6:
-<<Informazioni(rilasci="20.04 20.10")>>
+<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=644949")>>
-Linea 9:
+Linea 10:
-Per poter aggiungere funzionalità all'ambiente [[AmbienteGrafico/Gnome|GNOME]] è possibile installare delle estensioni. Tipicamente le estensioni sono installabili e gestibili dal sito [[https://extensions.gnome.org/|GNOME Extensions]], tuttavia '''Ubuntu''' ne presenta alcune di esse preinstallate nel classico formato [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi/PacchettiDebian|.deb]].
+Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due filoni principali, bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
-Linea 11:
+Linea 12:
-In questa guida verrà mostrato quali estensioni siano già presenti sul sistema, come installarne di nuove e come gestirle.
+= Bioinformatica =
-Linea 13:
+Linea 14:
-{{{#!wiki important
Alcune estensioni possono essere incompatibili con la versione di GNOME o di Ubuntu in uso, oppure andare in conflitto con altre già presenti. Per qualsiasi problema fare riferimento alle pagine dei singoli progetti.
}}}
+== BioconductoR ==
-Linea 17:
+Linea 16:
-= Estensioni preinstallate =
+ * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ 
 * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
 * '''Licenza''': Artistic License 2.0
-Linea 19:
+Linea 20:
-Vengono qui riportate le estensioni preinstallate in Ubuntu in formato `.deb`.
+= Chimica Computazionale =
-Linea 21:
+Linea 22:
-<<Anchor(icone_desktop)>>
== Desktop Icons ==
+== AMBER ==
 Linea 24:
- * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-desktop-icons|gnome-shell-extension-desktop-icons]]
+ * '''Sito''': https://ambermd.org
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa.
 * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
-Linea 26:
+Linea 28:
-L'ambiente '''GNOME''' nelle versioni più recenti non prevede l'utilizzo di file sul desktop. Questa estensione ne permette l'utilizzo.

=== Problemi noti ===

 * '''Mancanza drag & drop''': l'applicazione non permette di trascinare file dal desktop alle cartelle e viceversa.<<BR>>Diversi utenti preferiscono utilizzare al suo posto la più recente [[https://extensions.gnome.org/extension/2087/desktop-icons-ng-ding/|Desktop Icons NG (DING)]] che integra queste funzionalità. In tal caso, per evitare conflitti (in certi casi lo sdoppiamento delle icone sul desktop) è consigliabile disinstallare l'applicazione originale digitando nel [[AmministrazioneSistema/Terminale|terminale]]:{{{
 sudo apt purge gnome-shell-extension-desktop-icons
 }}}

 * '''Bug in Ubuntu 20.10 - [risolto]''': se si è appena installata Ubuntu 20.10 a causa del bug [[https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-shell-extension-desktop-icons/+bug/1898462|1898462]] tentando di trascinare file dal desktop verso cartelle e viceversa (funzionalità comunque non prevista), si avrà un crash del desktop che obbligherà al riavvio forzato del sistema.<<BR>>Il bug è stato nel frattempo risolto, pertanto sarà sufficiente effettuare gli [[AmministrazioneSistema/Aggiornamenti|aggiornamenti]] di sistema per correggere il pacchetto.

== Ubuntu Dock ==

 * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-ubuntu-dock|gnome-shell-extension-ubuntu-dock]]

L'ambiente '''GNOME''' non prevede l'utilizzo di una barra delle applicazioni o di una dock. Questa estensione, versione modificata di [[https://extensions.gnome.org/extension/307/dash-to-dock/|Dash to Dock]], permette l'utilizzo di una [[AmbienteGrafico/Gnome/Glossario#dock|dock laterale]].

== Ubuntu Appindicators ==

 * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-appindicator|gnome-shell-extension-appindicator]]

Questa estensione permette alle applicazione che ne fanno uso, di inserire una propria icona fra gli [[AmbienteGrafico/Gnome/Glossario#indicatori|indicatori]] di sistema in alto a destra.

<<Anchor(sito_extensions)>>
= Sito GNOME Extensions =

Dal sito ufficiale è possibile installare e gestire ulteriori estensioni.

== Preparativi ==

 0. Ad eccezione di '''Epiphany/Web''', per i principali browser sarà necessario [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://chrome-gnome-shell|chrome-gnome-shell]].
 0. In automatico il sito dovrebbe installare a seconda del browser il rispettivo componente aggiuntivo. Per installarli manualmente:
  * [[https://addons.mozilla.org/it/firefox/addon/gnome-shell-integration/|Firefox]]
  * [[https://chrome.google.com/webstore/detail/gnome-shell-integration/gphhapmejobijbbhgpjhcjognlahblep|Chromium, Google Chrome, Vivaldi]]
  * [[https://addons.opera.com/en/extensions/details/gnome-shell-integration/|Opera]]

== Installazioni e gestione estensioni ==

 * È possibile effettuare '''ricerche e installazioni''' al [[https://extensions.gnome.org/|seguente indirizzo]].
 * Gli strumenti per la '''gestione delle estensioni''' (attivazione/disattivazione, impostazioni, aggiornamento...) sono disponibili al [[https://extensions.gnome.org/local/|seguente indirizzo]].

<<Anchor(alternative)>>
= Strumenti alternativi =

== App per gestire estensioni ==

Allo stato attuale i seguenti software non sono in grado di installare estensioni, sono però utili per gestirne le impostazioni:
 * '''Estensioni''': [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://gnome-shell-extension-prefs|gnome-shell-extension-prefs]].
 * '''Tweaks''': [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://gnome-tweak-tool|gnome-tweak-tool]]. (Maggiori informazioni alla [[AmbienteGrafico/Gnome/Personalizzazione#gnome-tweak-tool|seguente pagina]]).
-Linea 77:
+Linea 31:
- * [[https://extensions.gnome.org|Sito ufficiale delle estensioni]]
-Linea 80:
+Linea 34:
-CategoryAmministrazione CategoryGrafica
+CategoryHomepage