Introduzione

Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due filoni principali, bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici in biologia, possiamo assumere che queste siano le principali discipline. Siamo consapevoli che esistano sfumature ed approcci molteplici, di cui terremo debitamente conto nei successivi aggiornamenti della pagina.

Bioinformatica

BioconductoR

Sito: https://www.bioconductor.org/
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0

Chimica Computazionale

AMBER

Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS

Ulteriori risorse

CategoryHomepage

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  Autore: dario-corrada
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+Linea 6:
-<<Informazioni(rilasci="20.04 20.10")>>
+<<Informazioni(forum="https://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=46&t=644949")>>
-Linea 9:
+Linea 10:
-Per poter aggiungere funzionalità all'ambiente [[AmbienteGrafico/Gnome|GNOME]] è possibile installare delle estensioni. Tipicamente le estensioni sono installabili e gestibili dal sito [[https://extensions.gnome.org/|GNOME Extensions]], tuttavia '''Ubuntu''' ne presenta alcune di esse preinstallate nel classico formato [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi/PacchettiDebian|.deb]].
+Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due filoni principali, bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici in biologia, possiamo assumere che queste siano le principali discipline. Siamo consapevoli che esistano sfumature ed approcci molteplici, di cui terremo debitamente conto nei successivi aggiornamenti della pagina.
-Linea 11:
+Linea 12:
-In questa guida verrà mostrato quali estensioni siano già presenti sul sistema, come installarne di nuove e come gestirle.
+= Bioinformatica =
-Linea 13:
+Linea 14:
-{{{#!wiki important
Alcune estensioni possono essere incompatibili con la versione di GNOME o di Ubuntu in uso, oppure andare in conflitto con altre già presenti. Per qualsiasi problema fare riferimento alle pagine dei singoli progetti.
}}}
+== BioconductoR ==
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+Linea 16:
-= Estensioni preinstallate =
+ * '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ 
 * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
 * '''Licenza''': Artistic License 2.0
-Linea 19:
+Linea 20:
-Vengono qui riportate le estensioni preinstallate in Ubuntu in formato `.deb`.
+= Chimica Computazionale =
-Linea 21:
+Linea 22:
-<<Anchor(icone_desktop)>>
== Desktop Icons ==
+== AMBER ==
 Linea 24:
- * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-desktop-icons|gnome-shell-extension-desktop-icons]]
+ * '''Sito''': https://ambermd.org
 * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa.
 * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
-Linea 26:
+Linea 28:
-L'ambiente '''GNOME''' nelle versioni più recenti non prevede l'utilizzo di file sul desktop. Questa estensione ne permette l'utilizzo.

=== Problemi noti ===

 * '''Mancanza drag & drop''': l'applicazione non permette di trascinare file dal desktop alle cartelle e viceversa.<<BR>>Diversi utenti preferiscono utilizzare al suo posto la più recente [[https://extensions.gnome.org/extension/2087/desktop-icons-ng-ding/|Desktop Icons NG (DING)]] che integra queste funzionalità. In tal caso, per evitare conflitti (in certi casi lo sdoppiamento delle icone sul desktop) è consigliabile disinstallare l'applicazione originale digitando nel [[AmministrazioneSistema/Terminale|terminale]]:{{{
 sudo apt purge gnome-shell-extension-desktop-icons
 }}}

 * '''Bug in Ubuntu 20.10 - [risolto]''': se si è appena installata Ubuntu 20.10 a causa del bug [[https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-shell-extension-desktop-icons/+bug/1898462|1898462]] tentando di trascinare file dal desktop verso cartelle e viceversa (funzionalità comunque non prevista), si avrà un crash del desktop che obbligherà al riavvio forzato del sistema.<<BR>>Il bug è stato nel frattempo risolto, pertanto sarà sufficiente effettuare gli [[AmministrazioneSistema/Aggiornamenti|aggiornamenti]] di sistema per correggere il pacchetto.

== Ubuntu Dock ==

 * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-ubuntu-dock|gnome-shell-extension-ubuntu-dock]]

L'ambiente '''GNOME''' non prevede l'utilizzo di una barra delle applicazioni o di una dock. Questa estensione, versione modificata di [[https://extensions.gnome.org/extension/307/dash-to-dock/|Dash to Dock]], permette l'utilizzo di una [[AmbienteGrafico/Gnome/Glossario#dock|dock laterale]].

== Ubuntu Appindicators ==

 * Pacchetto di installazione: [[apt://gnome-shell-extension-appindicator|gnome-shell-extension-appindicator]]

Questa estensione permette alle applicazione che ne fanno uso, di inserire una propria icona fra gli [[AmbienteGrafico/Gnome/Glossario#indicatori|indicatori]] di sistema in alto a destra.

<<Anchor(sito_extensions)>>
= Sito GNOME Extensions =

Dal sito ufficiale è possibile installare e gestire ulteriori estensioni.

== Preparativi ==

 0. Ad eccezione di '''Epiphany/Web''', per i principali browser sarà necessario [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://chrome-gnome-shell|chrome-gnome-shell]].
 0. In automatico il sito dovrebbe installare a seconda del browser il rispettivo componente aggiuntivo. Per installarli manualmente:
  * [[https://addons.mozilla.org/it/firefox/addon/gnome-shell-integration/|Firefox]]
  * [[https://chrome.google.com/webstore/detail/gnome-shell-integration/gphhapmejobijbbhgpjhcjognlahblep|Chromium, Google Chrome, Vivaldi]]
  * [[https://addons.opera.com/en/extensions/details/gnome-shell-integration/|Opera]]

== Installazioni e gestione estensioni ==

 * È possibile effettuare '''ricerche e installazioni''' al [[https://extensions.gnome.org/|seguente indirizzo]].
 * Gli strumenti per la '''gestione delle estensioni''' (attivazione/disattivazione, impostazioni, aggiornamento...) sono disponibili al [[https://extensions.gnome.org/local/|seguente indirizzo]].

<<Anchor(alternative)>>
= Strumenti alternativi =

== App per gestire estensioni ==

Allo stato attuale i seguenti software non sono in grado di installare estensioni, sono però utili per gestirne le impostazioni:
 * '''Estensioni''': [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://gnome-shell-extension-prefs|gnome-shell-extension-prefs]].
 * '''Tweaks''': [[AmministrazioneSistema/InstallareProgrammi|installare]] il pacchetto [[apt://gnome-tweak-tool|gnome-tweak-tool]]. (Maggiori informazioni alla [[AmbienteGrafico/Gnome/Personalizzazione#gnome-tweak-tool|seguente pagina]]).
-Linea 77:
+Linea 31:
- * [[https://extensions.gnome.org|Sito ufficiale delle estensioni]]
-Linea 80:
+Linea 34:
-CategoryAmministrazione CategoryGrafica
+CategoryHomepage