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| <<Indice(depth=1)>> <<Informazioni(rilasci="17.10 17.04 16.04 14.04")>> |
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| Questa pagina contiene esempi di un buon file `/etc/apt/sources.list` per Ubuntu. Sono attivi i [[Repository/Componenti|componenti]] '''main''', '''restricted''', '''universe''', '''multiverse''' e gli aggiornamenti normali e quelli di sicurezza. Per la modifica del file dei repository del sistema consultare la [[Repository|relativa guida]]. | Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Bioinformatica|bioinformatica]]'' e ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Chimica_computazionale|chimica computazionale]]''. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca. |
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| Per quanto riguarda i repository aggiuntivi, esistono anche i cosiddetti '''proposed''' (''trusty-proposed'', ecc...), adatti però non agli utenti finali, ma soltanto a chi desidera controllarne il corretto funzionamento in quanto contenenti pacchetti potenzialmente instabili, che potrebbero in alcuni casi anche inficiare il corretto funzionamento di APT. | = Bioinformatica = |
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| <<Anchor(zesty)>> = Ubuntu 17.10 Artful Aardvark = |
== BioconductoR == |
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| {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse |
* '''Sito''': https://www.bioconductor.org/ * '''Descrizione''': BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/R_(software)|R]]'' allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/-omica|omico]]'' (principalmente genomica e proteomica, ma non solo) * '''Licenza''': Artistic License 2.0 |
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| deb http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse |
== Biopython == |
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| deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse }}} |
* '''Sito''': https://biopython.org/ * '''Descrizione''': Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico. * '''Licenza''': il cpdice sorgente viene distribuito con licenza ''[[https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst|Biopython License]]'' |
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| <<Anchor(zesty)>> = Ubuntu 17.04 Zesty Zapus = |
== CytoScape == |
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| {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty main universe restricted multiverse |
* '''Sito''': https://cytoscape.org/ * '''Descrizione''': Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_pathway|pathways biologici]]''. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Gene_Ontology|Gene Ontology]]''), profili di espressione genica e molto altro. * '''Licenza''': GNU LGPL (Lesser General Public License) |
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| deb http://security.ubuntu.com/ubuntu zesty-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu zesty-security main universe restricted multiverse |
== Muscle == |
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| deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-updates main universe restricted multiverse }}} |
* '''Sito''': http://www.drive5.com/muscle/ * '''Descrizione''': tool per ''[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_sequence_alignment|allineamento multiplo]]'' di sequenze. Questo software permette di integrare nell'allineamento strutture 3D e profili di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Struttura_secondaria|struttura secondaria]]''. * '''Licenza''': Public Domain |
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| == Repository aggiuntivi == | == T-Coffee == |
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| <<Anchor(zesty-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu zesty-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu zesty-backports main restricted universe multiverse }}} |
* '''Sito''': https://it.wikipedia.org/wiki/T-Coffee * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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| <<Anchor(zesty-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu zesty partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu zesty partner }}} |
= Chimica Computazionale = |
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| <<Anchor(xenial)>> = Ubuntu 16.04 Xenial Xerus = |
== AMBER == |
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| {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main universe restricted multiverse |
* '''Sito''': https://ambermd.org * '''Descrizione''': software per simulazioni di ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Dinamica_molecolare|dinamica molecolare]]'', molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei ''[[https://it.wikipedia.org/wiki/Force_field|force field]]'' che implementa. * '''Licenza''': il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (''AMBERTools'') vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS |
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| deb http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security main universe restricted multiverse |
== AutoDock == |
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| deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main universe restricted multiverse }}} |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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| == Repository aggiuntivi == | == GROMACS == |
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| <<Anchor(xenial-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports main restricted universe multiverse }}} |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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| <<Anchor(xenial-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner }}} |
== Modeller == |
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| * '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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== NAMD == |
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| {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main universe restricted multiverse |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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| deb http://security.ubuntu.com/ubuntu trusty-security main universe restricted multiverse deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu trusty-security main universe restricted multiverse |
== PyMOL == |
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| deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates main universe restricted multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates main universe restricted multiverse }}} |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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| == Repository aggiuntivi == | == VMD == |
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| <<Anchor(trusty-backports)>> * '''Backports''': {{{ deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-backports main restricted universe multiverse deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-backports main restricted universe multiverse }}} |
* '''Sito''': * '''Descrizione''': * '''Licenza''': |
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| <<Anchor(trusty-partner)>> * '''Canonical partner''': {{{ deb http://archive.canonical.com/ubuntu trusty partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu trusty partner }}} ##= Versione in fase di sviluppo = ##Compilare dopo l'annuncio di Ubuntu 17.10 ##||<tablestyle="text-align: justify; width:100%; " style="border:none;" 5%><<Immagine(Icone/Grandi/info.png,,center)>> ||<style="padding:0.5em; border:none;">Leggere la pagina [[Ubuntu+1]] per informazioni sulla versione di sviluppo corrente.|| = Versione in fase di sviluppo = Non ancora disponibile. ##||<tablestyle="text-align: justify; width:100%; " style="border:none;" 5%><<Immagine(Icone/Grandi/info.png,,center)>> ##||<style="padding:0.5em; border:none;">Leggere la pagina [[Ubuntu+1]] per informazioni sulla versione di sviluppo corrente.|| ## SOSTITUIRE artful CON LA NUOVA VERSIONE IN SVILUPPO UNA VOLTA NOTO IL NOME ##<<Anchor(artful)>> ##== Ubuntu 17.10 Artful Aardvark == ## ##{{{ ##deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse ##deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful main universe restricted multiverse ## ##deb http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse ##deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu artful-security main universe restricted multiverse ## ##deb http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse ##deb-src http://it.archive.ubuntu.com/ubuntu/ artful-updates main universe restricted multiverse ##}}} = Versioni non più supportate EOL = Per le versioni di Ubuntu che hanno raggiunto il termine del ciclo di supporto, per le quali non verranno più forniti aggiornamenti (compresi gli aggiornamenti di sicurezza), fare riferimento alla [[Repository/SourcesList/EOL|relativa pagina]]. |
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| * [[Repository|Guida ai repository]] * [[Ubuntu+1|Informazioni sulla versione in fase di sviluppo]] * [[Repository/SourcesList/EOL|File sources.list nelle versioni EOL]] |
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| CategoryAmministrazione | CategoryHomepage |
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Introduzione
Questa pagina presenta una lista di software, librerie e pacchetti utilizzabili su Ubuntu utili nell'ambito della biologia. Divideremo i contenuti in due categorie principali: bioinformatica e chimica computazionale. Nonostante sia una estrema semplificazione degli approcci informatici adottati in biologia, assumiamo per semplicità questi come i filoni principali di ricerca.
Bioinformatica
BioconductoR
Descrizione: BioconductoR è una collezione di librerie, pacchetti e dataframe sviluppati per R allo scopo di effettuare calcoli e analisi di dati in ambito omico (principalmente genomica e proteomica, ma non solo)
Licenza: Artistic License 2.0
Biopython
Sito: https://biopython.org/
Descrizione: Biopython è un insieme di tool di programmazione sviluppati in Python. È un progetto collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che soddisfino le esigenze del lavoro del bioinformatico.
Licenza: il cpdice sorgente viene distribuito con licenza Biopython License
CytoScape
Sito: https://cytoscape.org/
Descrizione: Cytoscape è una piattaforma open source per la visualizzazione di network di interazioni molecolari e pathways biologici. Consente di integrare i network con annotazioni funzionali (ad esempio Gene Ontology), profili di espressione genica e molto altro.
Licenza: GNU LGPL (Lesser General Public License)
Muscle
Descrizione: tool per allineamento multiplo di sequenze. Questo software permette di integrare nell'allineamento strutture 3D e profili di struttura secondaria.
Licenza: Public Domain
T-Coffee
Descrizione:
Licenza:
Chimica Computazionale
AMBER
Sito: https://ambermd.org
Descrizione: software per simulazioni di dinamica molecolare, molto impiegato per la robustezza e l’affidabilità dei force field che implementa.
Licenza: il core principale di AMBER viene rilasciato sotto licenza proprietaria, i tool di analisi e sviluppo (AMBERTools) vengono rilasciati con licenze GPL o FOSS
AutoDock
Sito:
Descrizione:
Licenza:
GROMACS
Sito:
Descrizione:
Licenza:
Modeller
Sito:
Descrizione:
Licenza:
NAMD
Sito:
Descrizione:
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PyMOL
Sito:
Descrizione:
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VMD
Sito:
Descrizione:
Licenza:
